Los esfuerzos por la recuperación del lobo mexicano comenzaron entre 1977 y 1980 con los últimos ejemplares que se lograron capturar en México. Durante ese tiempo fue creado el «Plan para la supervivencia del lobo mexicano» (AZA Mexican Wolf SSP) y tanto en Estados Unidos de América como en México, se inició un programa de recuperación en cautiverio donde se reproducen los ejemplares para después ponerlos en libertad.

El plan está compuesto por tres partes: Investigación, educación y una estrategia de reproducción basada en el valor genético de cada individuo, ya que el mayor problema al que se enfrenta el lobo mexicano hoy en día es la falta de variabilidad genética ya que todo el programa se fundamenta en muy pocos ejemplares. Los lobos se rotan de centro en centro cada cierto tiempo para intentar mitigar esta problemática, pero ésta acción no siempre da los resultados esperados ya que únicamente se considera el factor «genético» para estas rotaciones y muchas veces se deja de lado su etología individual (comportamiento).

En cuanto a la recuperación; el plan busca re-introducir a los lobos en las áreas de donde fueron exterminados —de aquí la gran importancia de la educación en esas zonas—. Pero antes, los lobos deben pasar por centros de pre-liberación, donde las condiciones ambientales son similares a las de la «zona de liberación» y donde el contacto humano es prácticamente nulo.

A finales de 2012 fue estimado que al menos vivían setenta y cinco lobos y cuatro parejas reproductoras en los terrenos de las áreas de recuperación, con un 27 % de la población consistente en cachorros.

En 2014 es registrado el primer nacimiento de lobo mexicano en un entorno salvaje tras la re-introducción.

Un estudio realizado por el Servicio de Pesca y Vida Salvaje de Estados Unidos en febrero de 2015 mostró una población de al menos 109 lobos en 2014 en el suroeste de Nuevo México y el sureste de Arizona, lo que significa un incremento del 31 % desde 2013.